Фамилия Халифе — редкий для России случай, когда арабское слово попало в русский быт почти без изменений, минуя типичные суффиксы. Основа здесь — арабское «халиф» (خليفة), то есть «заместитель», «наместник». В исламском мире халиф — верховный правитель, преемник пророка Мухаммеда. Но фамилия Халифе почти наверняка не означает прямого родства с историческими халифами. Чаще всего так называли человека, который служил при халифе, работал в его администрации или просто получил прозвище за важный, властный вид.

Обратите внимание на окончание -е. В русской традиции фамилии на -е (вроде Дунае, Ковале) встречаются, но для арабских заимствований это нетипично. Скорее всего, фамилия закрепилась в форме, близкой к арабскому произношению (Халифа), а на письме «а» на конце перешло в «е» под влиянием местных говоров или при записи в документах. Это указывает на то, что фамилия могла сформироваться не в центральной России, а на южных или восточных окраинах империи — в среде татар, башкир, народов Кавказа или Средней Азии, где арабские имена и титулы были привычны.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла возникнуть у евреев-сефардов. В иврите есть слово «халиф» (חליף) — «сменный», «преемник», а также «халифа» как вариант имени. Однако в этом случае форма Халифе встречается реже, чем Халиф или Халифман. Для русского контекста арабское происхождение через тюркское посредничество выглядит убедительнее.

Социальный срез: носители фамилии Халифе в дореволюционной России — это не дворяне и не крестьяне в классическом смысле. Чаще всего это купцы, духовные лица (муллы, кадии) или зажиточные горожане в мусульманских общинах. Фамилия не давала привилегий, но указывала на связь с исламской ученостью или властью. Сегодня она встречается в Дагестане, Чечне, Татарстане, а также среди потомков эмигрантов из Российской империи в Турции и арабских странах.

Сравните с однокоренными: Халифов, Халифуллин, Халифаев. В фамилии Халифе нет русифицирующего суффикса (-ов, -ин), что делает её старше по форме — она могла закрепиться ещё до того, как в XVIII–XIX веках массово «обрусевали» инородные фамилии. Это не ошибка писаря, а след того, что носитель долго сохранял исходное звучание.