Фамилия Халимонец — редкая, и её происхождение напрямую связано с личным именем или прозвищем. В её основе лежит имя Халим, которое восходит к арабскому «халим» — «кроткий», «терпеливый», «сдержанный». Это одно из имён, распространённых в исламской традиции, и в качестве личного имени оно встречается у тюркских и кавказских народов. Однако в русской фамилии оно получило характерный славянский суффикс -ец, который в восточнославянской ономастике выполняет несколько функций.

Суффикс -ец в фамилиях часто указывает на происхождение из определённой местности: так, Халимонец могло означать «выходец из села или рода Халимовых» или «сын человека по имени Халим». В белорусской и украинской традиции этот суффикс особенно распространён и может заменять более привычные русские -ов/-ев. Поэтому географически фамилия Халимонец скорее всего сформировалась на землях современной Беларуси или Западной Украины, где были сильны тюркские и мусульманские влияния через татарские поселения или контакты с крымскими народами.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвищное происхождение. В говорах слово «халим» могло означать «обманщик» или «плут» (от тюркского «халым» — «вымогательство»). Тогда Халимонец — это человек, получивший прозвище за хитрость или склонность к мошенничеству. Но, учитывая распространённость имени Халим как личного, первая версия — с именем-основой — выглядит убедительнее.

Фамилия не входит в число дворянских или старых московских родов — её носители, судя по всему, были крестьянами или мещанами из западных регионов. В документах XIX — начала XX века Халимонцы встречаются в метрических книгах Гродненской, Минской и Волынской губерний. В современной России фамилия остаётся очень редкой, её можно встретить в основном в Москве и Санкт-Петербурге, куда переехали потомки из Беларуси и Украины.