Фамилия Халимонов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Халимонов послужило церковное имя Филимон. Имя Халимон представляет собой просторечный украинско-белорусский вариант имени Филимон, которое в переводе с греческого означает «любимый». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Халимон, со временем получил фамилию Халимонов. О точном месте и времени возникновения фамилии Халимонов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Халимонов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.