Фамилия Халимоненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Халимон. Фамилия Халимоненко восходит к церковному мужскому имени Филимон. Оно пришло в русский язык из древнегреческого и образовано от глагола «phileo», что значит «любить». В этом случае Халимон – украинский вариант этого имени (чередование согласных ф/х характерно для юга России, Украины и Белоруссии). Поэтому Халимоненко буквально понималось как «сын Халимона».