Фамилия Ханикерян — яркий пример армянской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -ян, что означает «принадлежащий к роду» или «потомок». В русской передаче этот суффикс часто пишется как -ян или -янц, и Ханикерян — типичный случай, где основа фамилии указывает на личное имя или прозвище предка.

Основа «Ханикер» не является распространённым армянским именем, что делает фамилию относительно редкой и локальной. Скорее всего, она восходит к сложному имени или прозвищу, состоящему из двух частей. Первая часть «Хани» может быть вариантом армянского имени Ханик (уменьшительно-ласкательная форма от Хачатур, Хан или других имён на «Хан-»), либо восходить к тюркскому слову «хан» (правитель, князь), которое часто входило в состав армянских имён и титулов. Вторая часть «кер» в армянском языке может означать «камень» (кар) или быть частью прозвища, связанного с профессией или внешностью, например, «кер» как искажённое «герер» (пленник) или от «кер» (слепой). Однако более вероятно, что «кер» — это усечённая форма от «керян» (каменщик) или «кероглы» (сын каменщика) в тюркском влиянии.

Таким образом, Ханикерян могло означать «потомок Ханикера», где Ханикер — прозвище или составное имя, данное человеку, возможно, связанному с камнем (каменщик, живущий у скалы) или имеющему отношение к ханскому роду. Географически фамилия типична для армян, живших в регионах с сильным тюркским влиянием — в Западной Армении (исторические области Васпуракан, Арарат) или в среде армян, переселившихся в Российскую империю. Встречается в основном среди армянских диаспор России, Грузии и Армении, но не является массовой.

Словообразовательная модель проста: основа + суффикс -ян. Сравните с однокоренными фамилиями Ханикян (от имени Ханик) и Керян (от «кер»), но Ханикерян — уникальный гибрид, указывающий на двусоставное прозвище, которое не сохранилось как самостоятельное имя. В дореволюционной России фамилию могли записать как Ханикерянц, с окончанием -янц, что также встречается у армянских фамилий. Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, были ремесленниками или крестьянами, так как суффикс -ян у армян не указывает на дворянство, а распространён среди всех сословий.