Фамилию Ханинаев стоит разбирать, начиная с её необычного окончания. Суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), что характерно для русских фамилий, образованных от имени или прозвища отца. Но основа «Ханинай» звучит нетипично для великорусской среды. Здесь мы видим яркий маркер тюркского или кавказского влияния, скорее всего, осетинского или кумыкского происхождения, адаптированного русской грамматикой.

Вероятнее всего, в основе лежит мусульманское имя Ханина (или Ханифа), к которому добавился тюркский притяжательный аффикс -ай/-айы, означающий «его, принадлежащий ему». Таким образом, Ханинай — это «принадлежащий Ханине» или «Ханин». Имя Ханиф (араб. حنيف) в исламской традиции означает «правоверный», «чистый в вере», а женская форма Ханина — «нежная», «любящая». Фамилия Ханинаев, следовательно, могла означать «сын Ханиная» или «потомок того, кто звался Ханинаем».

Географически фамилия привязана к Северному Кавказу, особенно к Ингушетии и Чечне, где фиксируются носители с корнем «Ханин». Встречается она и среди осетин-дигорцев. Есть иная, менее вероятная версия: что основа восходит к арабскому слову «ханин» (тоска, страстное желание), но тогда форма «Ханинаев» была бы производной от прозвища «Ханин», что реже для данного региона.

Социальный контекст: фамилия не относится к древним аристократическим родам, а возникла в среде горских народов в XIX веке, когда русская администрация начала массово фиксировать и «обрусивать» местные имена и прозвища, добавляя к ним фамильные суффиксы. Ханинаевы — это потомки людей, носивших личное имя или прозвище Ханинай, которое со временем закрепилось за родом.