Фамилия Ханинов — редкий случай, когда основа почти наверняка не славянская, а тюркская или арабская, и при этом фамилия оформлена по русской модели. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ханинов буквально значит «сын Ханина» или «человек из рода Ханина». Вопрос в том, что такое «Ханин».

Самая прямая версия: Ханин — это русская форма тюркского имени или прозвища Хан. В татарском, башкирском и других тюркских языках «хан» — правитель, князь, но в быту могло быть и просто личным именем, иногда уменьшительным. Добавление русского суффикса -ин к основе Хан даёт Хан-ин, то есть «маленький хан» или «потомок хана». Фонетически «Хан-ин» в разговорной речи могло стянуться в «Ханин» — так, как это произошло, например, с фамилией Иванов от Иван.

Есть и более редкая, но возможная версия — от арабского имени Хани (Hani), что значит «счастливый», «довольный». В арабском мире это распространённое имя. Если его носитель попал в русскую среду, к основе «Хани» добавили бы -н- (для благозвучия) и фамильный суффикс -ов или -ин. Хани-н-ов — логичный путь, но он дал бы фамилию Ханинов, а не Ханинов. Однако в устной передаче разница между «и» и «ы» могла стереться, и фамилия могла закрепиться как Ханинов.

География фамилии подсказывает, что версия с тюркским «хан» правдоподобнее. Ханиновы встречаются в Поволжье, на Урале, в Западной Сибири — в регионах, где веками жили татары, башкиры, казахи и где русские фамилии часто образовывались от тюркских прозвищ. В центральных областях России фамилия почти не встречается.

Любопытная деталь: если бы фамилия образовывалась от слова «хан» напрямую, ожидался бы суффикс -ов (Ханов). Суффикс -ин здесь — знак того, что основа, скорее всего, воспринималась как личное имя или прозвище на -а/-я (Ханя, Ханин — как Ванин от Ваня). Это говорит о том, что предок носителя фамилии, вероятно, был не просто «ханом» в прямом смысле, а человеком, которого в быту называли уменьшительно-ласкательно Ханей, а его дети пошли по отцу — Ханины.

Таким образом, предки Ханиновых — скорее всего, тюркского происхождения, жили на востоке европейской России или в Сибири, а фамилия закрепилась за ними в XV–XVII веках, когда русские чиновники и священники записывали прозвища в документы, приспосабливая их к русской грамматике.