Фамилия Ханинова — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Ханинов. Образована она по стандартной русской модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность («чей сын?» — Ханинов). Суффикс -ин здесь не появился, хотя слово заканчивается на «а»: в фамилиях от основ на -а/-я чаще встречается -ин (например, Голицын), но -ов тоже возможен, особенно если основа воспринималась как твёрдая или если фамилия складывалась в регионе, где -ов был универсальным патронимическим показателем.

Корень фамилии — личное имя Хани́на или Хани́н. Это уменьшительная форма от арабского имени Хан, которое в тюркских и кавказских языках означало «правитель», «владыка», «князь». В дореволюционной России имя Хан (и его производные) встречалось у татар, башкир, народов Кавказа, а также у калмыков. Соответственно, Ханинов — это «сын Ханины», то есть потомок человека, носившего такое прозвище или имя. Возможно и иное толкование: от тюркского слова «хан» с добавлением ласкательного суффикса -ын/-ин, что даёт значение «маленький хан» или «ханёнок» — прозвище, которое могло закрепиться за младшим сыном в семье или за человеком, внешне или по характеру напоминавшего знатного предка.

Географически фамилия Ханинов (и Ханинова) тяготеет к регионам с тюркским и монгольским населением: Поволжье, Северный Кавказ, Калмыкия. Встречается она и у русских, но, скорее всего, как результат межэтнических браков или миграций. В отличие от фамилий на -их/-ых, которые характерны для северорусских областей, Ханинов — типично «восточная» фамилия, адаптированная к русской словообразовательной системе.

Сословная принадлежность предков могла быть разной: от крестьян до мелких служилых людей. Имя Хан в тюркской среде не обязательно указывало на знатность — его давали и простым людям как пожелание силы или власти. Если же фамилия возникла в калмыцкой среде, то там Хан — распространённый компонент личных имён (например, Ханга, Хандыков), и Ханинов — закономерное русское оформление такого имени.

В написании фамилии стоит обратить внимание на двойное «н»: в основе Ханин- суффикс -ов даёт форму Ханинов, а не Ханинов. Это важно, потому что в разговорной речи фамилию иногда путают с более редкой Ханинов (от имени Ханий), но исторически верное написание — с одним «н» в корне и с суффиксом -ов.