Фамилия Ханынова — женская форма, а её мужской вариант — Ханынов. Чтобы разобраться в происхождении, нужно отсечь типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Ханына). Основа, таким образом — Ханын. А это уже редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а тюркское слово «хан» с уменьшительным русским суффиксом -ын.

Хан — это не просто титул правителя или восточного владыки. В русской среде, особенно в пограничных и поволжских землях, «ханом» могли прозвать человека властного, гордого, а иногда и просто задиристого, который «держался как хан». Но суффикс -ын придаёт основе значение единичности или уменьшительности: Ханын — это не «великий хан», а скорее «маленький хан», «ханёнок». Так могли в шутку называть младшего сына в семье, где отца уже прозвали Ханом, или же человека невысокого роста, но с амбициями.

Модель образования с суффиксом -ын (-ин) встречается реже, чем стандартное -ов/-ев, и чаще привязывается к прозвищам на -а/-я или к именам, оканчивающимся на согласный. Здесь мы видим необычный гибрид: тюркский корень «хан» обрастает русским суффиксом -ын, а затем стандартным -ов. Это говорит о том, что прозвище Ханын бытовало в среде, где русский язык уже давно смешался с тюркскими элементами — скорее всего, в среде служилых татар, казаков или крестьян южных уездов (например, бывшее Казанское ханство, Астраханская губерния).

Версия, что фамилия произошла от мусульманского имени Ханын (встречается у татар и башкир как женское имя со значением «госпожа»), маловероятна: в русской патронимической системе мужская фамилия образуется от мужского имени или прозвища. Скорее всего, предок носителя фамилии Ханынов был русским или обрусевшим человеком, получившим прозвище Ханын — «маленький хан» — за характер или внешность. Фамилия редкая, недворянская, и её носители, вероятно, относились к крестьянскому или мещанскому сословию.