Фамилия Ханюкова — женская форма фамилии Ханюков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Ханюк. Чтобы понять происхождение, нужно разобрать корень и суффикс. Суффикс -юк характерен для украинского, белорусского и южнорусского имясловия: он образует уменьшительные или «сыновьи» формы, указывая на молодого человека или потомка. В русских фамилиях на -ов такой суффикс встречается реже, чем в украинских на -ук/-юк, но в южных и западных регионах России он был в ходу.

Корень Хан- может восходить к тюркскому «хан» — титул правителя или военачальника. В XVI–XVII веках в пограничных с Диким полем землях (например, на Рязанщине) тюркские слова проникали в прозвища: «ханом» могли назвать заносчивого или властного человека, либо служилого татарина. Однако не исключена и славянская версия: в диалектах «ханя» означало «ротозей» или «простак» (от глагола «ханить» — бранить, осуждать). Тогда Ханюк — это «сын Хани», то есть человека с таким прозвищем.

Известно, что фамилия Ханюков бытует преимущественно в Курской, Белгородской и Воронежской областях — зоне активного смешения русского и украинского населения. Там же встречаются однокоренные фамилии Ханютин, Ханенко, Ханьков. Вероятно, предки носителей фамилии были крестьянами или однодворцами южных окраин России, а прозвище закрепилось за родом в XVII–XVIII веках. Спор между тюркской и славянской версией остаётся открытым: первая объясняет статусный оттенок, вторая — бытовой, но обе не противоречат реалиям того времени.