Фамилия Ханюкина — женская форма фамилии Ханюкин, которая образована по довольно редкой для русского языка модели с суффиксом -ин. Если большинство русских фамилий на -ин произошли от основ на -а/-я (Петров — Петин, Иван — Иванов — Иванин), то здесь мы видим суффикс, который мог присоединиться к основе, оканчивающейся на согласный или гласный, но с характерным чередованием.

Ядро фамилии — корень «Хан-». Самая очевидная версия: в основе лежит тюркское слово «хан» — титул правителя, князя. Однако напрямую называть человека «ханом» в русской деревне было не принято, если только это не было прозвищем за властный или горделивый нрав. Более вероятно, что фамилия происходит от уменьшительно-ласкательной формы какого-либо крестильного имени. Например, имя Феофан (от греч. «богоявление») в народной речи сокращалось до Ханя, а также до Фаня, Ханька. Суффикс -юк- в основе (Ханюк, Ханюка) — типичный украинский или южнорусский уменьшительный суффикс, который часто добавляли к именам: Ханя → Ханюк («маленький Ханя» или «сын Хани»). Таким образом, Ханюкин — это «сын Ханюка», то есть внук или потомок человека по имени Ханя (Феофан).

Версия с прозвищем от слова «хан» тоже имеет право на существование, но она менее лингвистически точна: от «хан» ожидалась бы фамилия Ханов или Ханин, а не Ханюкин. Форма с суффиксом -юк- чётко указывает на западнорусские или украинские корни, где такие модели были массовыми (Бондарюк → Бондарюкин, Ковалюк → Ковалюкин). Географически фамилия Ханюкина встречается в основном в Центральной России и Поволжье, что совпадает с зонами позднего заселения выходцами из Малороссии.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Фамилии на -ин, как правило, закреплялись за простыми сословиями, а не за дворянством. Никаких документальных упоминаний о знатном происхождении Ханюкиных нет — это типичная «семейная» фамилия, образованная от домашнего имени предка.