Фамилия Хантя, вероятно, представляет собой вариант фамилии Ханця. В свою очередь, фамилия Ханця образована от аналогичного имени — уменьшительной формы еврейского женского имени Хана. Имя Хана происходит от корня «хен», который в переводе с иврита означает «прелесть, привлекательность». По другой версии, фамилия Хантя имеет румынское происхождение и этимологически связана с румынским словом «ханцэ» - «рваная одежда» или «человек, любящий много поговорить». В этом случае в основе фамилии лежит прозвище Хантя, которое указывало на социальный статус предка или на особенности его поведения: основатель рода Хантя мог быть малообеспеченным человеком, не имевшим возможности ходить в новой одежде, или же отличаться разговорчивостью.