Фамилия Хантова — женская форма от мужской Хантов, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов/-ев типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, но здесь суффикс присоединён не к славянской основе, а к тюркскому корню. Основа «хант» напрямую указывает на слово «хан» — титул правителя у тюркских и монгольских народов. В русской среде это слово могло стать прозвищем: так называли человека властного, гордого, возможно, с претензией на лидерство, или же того, кто служил при хане, знал ханский двор.

Версия, что фамилия происходит от этнонима «ханты» (народность в Западной Сибири), менее правдоподобна. Этноним «ханты» вошёл в широкий русский обиход поздно, только в XX веке, а фамилии подобного типа массово складывались в XV–XVII веках. К тому же фамилии от названий народов обычно образуются иначе (например, Татаринов, Чувашов) и редко закрепляются в форме с суффиксом -ов от основы на мягкий согласный. Скорее всего, перед нами прозвищная фамилия, где «Хант» — это русифицированная форма тюркского «хан» с наращением конечного -т (по аналогии с «князь» — «князёк», но здесь иной путь: «хан» через татарское «хан» могло осмысляться как «хант» под влиянием русских диалектов или просто как уменьшительно-пренебрежительная форма).

Фамилия Хантов (и её женский вариант) встречается в Поволжье, особенно среди татар и башкир, а также у русских в регионах, граничащих с Татарстаном. Это указывает на среду бытования: предки носителя фамилии могли быть из татарского служилого сословия или из русских крестьян, получивших прозвище по контактам с тюркским миром. Сословная принадлежность не определена однозначно — фамилия не княжеская и не дворянская, но и не исключительно крестьянская: прозвища такого рода давали людям разного положения.

В написании стоит отметить, что фамилия нередко путается с Хантовой через «о» в ударном слоге (Хо́нтова), но исходная форма — с «а»: Хантова. Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Ха́нтова, что характерно для фамилий на -ов с тюркской основой.