Фамилия Ханышева — женская форма фамилии Ханышев, и её происхождение почти наверняка связано с тюркскими корнями. Основа «хан» — древний тюркский титул верховного правителя, вождя племени или военачальника. Однако напрямую прозвище «Хан» в русской среде давали не столько за знатное происхождение, сколько за властный, гордый нрав или за внешнее сходство с восточным правителем. В крестьянской и посадской среде XV–XVII веков такое прозвище было скорее ироничным или характеризующим, чем указывающим на реальный титул.

Словообразовательная модель типична для восточнорусских и поволжских фамилий. Суффикс «-ыш» в основе «Ханыш» — уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный формант, характерный для тюркских языков. «Ханыш» могло означать «маленький хан», «ханёнок» или «сын хана» — в переносном смысле так могли прозвать балованного или капризного ребёнка, либо младшего в роду, кто вёл себя по-хозяйски. Таким образом, фамилия прошла путь: прозвище Хан → производное Ханыш → отчество Ханышев → фамилия Ханышева.

Географически фамилия Ханышева встречается преимущественно в регионах с сильным татарским и башкирским влиянием: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это неудивительно: у татар и башкир фамилии на «-ев» и «-ин» образовывались по тому же принципу, что и у русских, но от тюркских имён и прозвищ. В метрических книгах XIX века Ханышевы нередко записаны как государственные крестьяне или мещане — то есть предки не были ни знатью, ни крепостными, а принадлежали к податным сословиям, жившим своим трудом.

Встречается редкий вариант написания с буквой «ы» после «х» — Ханышева, а не Ханишева. Это важная деталь: твёрдый звук «ы» указывает на исходное тюркское произношение, где гласная не смягчается. Если бы фамилия происходила от имени Ханя (краткая форма от Иван или Харитон), писали бы через «и» — Ханишева. Поэтому тюркская версия происхождения выглядит убедительнее.