Фамилия Харанухин — редкий пример, где основа не от христианского имени и не от профессии, а от прозвища, которое могло звучать как Харануха. Даже на слух это слово кажется нестандартным для русского уха: здесь нет привычных корней, связанных с животными, внешностью или ремеслом.

Самый вероятный источник — глагол «харанить» или диалектное «харануться», что в некоторых говорах означало «упрямиться», «капризничать», «делать что-то наперекор». Вологодские и архангельские говоры сохранили слово «харанук» — упрямый, своенравный человек. Прозвище Харануха давали тому, кто отличался строптивым характером или любил спорить по пустякам. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Харанухин, то есть сын или потомок Харанухи.

Менее убедительная версия связывает основу с тюркскими корнями, например, с татарским «хара» — чёрный. Но тогда фамилия скорее имела бы форму Хараев или Харанов, а суффикс -ухин для тюркских заимствований нетипичен. К тому же прозвищная модель с суффиксом -ух(а) в русском языке очень продуктивна: вспомните фамилии Ветлухин, Кривухин, Толстухин. Харанухин стоит в том же ряду.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается в Калужской, Тверской, Костромской областях — именно там диалектная лексика лучше сохраняла подобные слова. Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским: прозвища такого типа давали в деревенской среде, где характер человека был на виду у всей общины.

Таким образом, Харанухин — это фамилия-характеристика. Предок носителя получил прозвище за упрямство или своенравие, и это слово, не попавшее в литературный язык, сохранилось в фамилии как маленький диалектный след.