Фамилия Харанухина — женская форма фамилии Харанухин, и её разговорный, почти «домашний» суффикс -ин указывает на то, что в основе лежит личное прозвище или имя предка. Такие фамилии обычно отвечали на вопрос «чей?»: Харанухин — сын или потомок Харанухи. Сама же основа Харанух- звучит необычно и не имеет очевидного аналога в литературном русском языке, что заставляет искать её корни в диалектах или в тюркских языках.

Наиболее вероятное объяснение — связь с тюркским словом «карану» (в некоторых тюркских наречиях — «тёмный», «мрачный» или «чернявый»). В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, при заимствовании тюркских слов часто происходила замена начального «к» на «х»: так «кара» (чёрный) превращалось в «хара». Таким образом, Харануха могло быть прозвищем тёмноволосого или смуглого человека, либо того, кто носил тёмную одежду. Суффикс -ух- в этом случае типичен для русских прозвищных форм и придаёт слову оттенок просторечия или даже ласкательности.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от глагола «харанухать» (в некоторых северных говорах — «бранить», «ворчать»). Если такое слово бытовало, то прозвище Харануха мог получить человек сварливого или ворчливого нрава. Однако эта гипотеза слабее, так как глагол не зафиксирован в центральных словарях, а тюркский след для фамилии с таким звучанием гораздо логичнее.

Географически фамилия Харанухина встречается редко, что подтверждает её локальное происхождение. Вероятнее всего, она сформировалась в среде однодворцев или крестьян южнорусских губерний, где контакты с тюркским населением были обычным делом. В любом случае, фамилия не дворянская, а народная, прозвищная — её носитель в XVI–XVII веках был простым человеком, которого окружающие запомнили по внешности или характеру, а не по ремеслу или месту жительства.