Фамилия Харатон — редкая и неочевидная с точки зрения русского словообразования. Её основа не похожа на типичные славянские корни, и это сразу подсказывает направление поиска: скорее всего, перед нами фамилия, возникшая на стыке культур, либо искусственно созданная или изменённая при записи.

Самый вероятный путь происхождения — греческий. В греческом языке слово «хара» (χαρά) означает «радость», а суффикс «-тон» может быть переосмыслением окончания или частью сложного имени. Фамилия могла образоваться от греческого личного имени Харатон или Харитон, которое в православных святцах известно как Харитон (от греч. χαρίεις — «милостивый», «прелестный»). При переходе в русскую среду имя Харитон в некоторых диалектах или при неточной записи могло дать форму Харатон. Ударение в фамилии обычно падает на последний слог: Харато́н.

Вторая версия, менее распространённая, но заслуживающая внимания, — связь с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий основа «хара» означает «чёрный», а «тон» — «одежда» или «шкура». В таком случае прозвище Харатон могли дать человеку, носившему чёрную одежду, либо занимавшемуся выделкой чёрных шкур. Однако эта гипотеза слабее: в тюркских фамилиях редко встречается столь прямой перевод прозвища в фамилию без суффикса.

С точки зрения модели образования, фамилия Харатон стоит особняком. В русской традиции фамилии на -тон практически не встречаются; это нетипичный суффикс. Если бы фамилия была исконно русской, мы ожидали бы форму Харатонов (с суффиксом принадлежности). Отсутствие суффикса — сильный аргумент в пользу того, что фамилия пришла в готовом виде, вероятно, из греческой или южнославянской среды, где такие окончания встречаются чаще. Например, в Болгарии и Греции фамилии на -тон (Тонев, Тонов) не редкость.

Географически фамилия Харатон встречается в России крайне редко, преимущественно на юге — в Краснодарском крае, Ростовской области, а также среди греков Приазовья. Это косвенно подтверждает греческую версию: именно в этих регионах исторически компактно проживали греческие общины.

Таким образом, если вы носите фамилию Харатон, ваши предки с высокой вероятностью были выходцами из греческой среды, а сама фамилия восходит к имени Харитон. В редких случаях возможно тюркское происхождение, связанное с прозвищем по одежде или цвету.