Фамилия Харохордина — одна из тех, где при первом взгляде неясно, с какого корня всё началось. Она звучит непривычно, и это не случайно: перед нами пример фамилии, образованной от прозвища, которое почти вышло из обихода. Основа здесь — «Харохорда» или «Хорохорда». В старых русских говорах, особенно северных и сибирских, «хорохориться» означало «задираться, хорохориться, петушиться». Прозвище Хорохорда давали человеку задорному, бойкому, любящему спорить или показывать удаль. Со временем, из-за нечёткого произношения или местных диалектных особенностей, «о» могло перейти в «а», и фамилия закрепилась в форме Харохордин.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Харохордин — значит «сын Харохорды» или «из семьи Харохорды». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а. Встречается она чаще в северных и центральных областях России, где -ин был распространён шире, чем -ов. Географически Харохордины, судя по имеющимся данным, фиксируются в основном в Вологодской и Архангельской губерниях, а также в Сибири, куда переселенцы принесли прозвище. В этих краях «хорохориться» было словом живым, и прозвище могло возникнуть независимо в разных семьях.

Стоит отметить, что фамилия редкая. В отличие от распространённых Хорошиловых или Хорьковых, Харохордины не попали в массовые переписи большинства губерний. Это говорит о том, что прозвище оставалось локальным, а фамилия не разошлась широко за пределы одного-двух уездов. В словарях русских фамилий (например, у В. А. Никонова) подобные формы упоминаются как характерные для северного наречия, где «аканье» — произношение «о» как «а» — было редкостью, но в отдельных говорах встречалось. Поэтому вариант Харохордин мог закрепиться именно там, где акали или где прозвище записали на слух приезжие писцы.

Альтернативная версия — связь с тюркским корнем «харо» (чёрный) или с именем Харахорд, но она слабая: ни в одном из доступных ономастиконов нет подтверждений такой этимологии для этой фамилии. Основная линия — чисто русская, от глагола «хорохориться» — остаётся самой правдоподобной. Предки носителей фамилии, скорее всего, были вольными крестьянами или посадскими людьми на Русском Севере, где прозвища за характер давали особенно часто.