Фамилия Хархордин звучит непривычно для русского уха, и это не случайно. Её основа, скорее всего, не славянского, а тюркского происхождения. Словообразовательная модель — суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Хархордин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Хархорда.

Корень «хархор» можно связать с тюркским словом «хар» (снег) или «кара» (черный), но более убедительная версия отсылает к диалектному тюркскому «хархор» — так называли человека с хриплым, сиплым голосом, возможно, от звукоподражания кашлю или храпу. В некоторых тюркских языках «хархор» означало «ворчун» или «недовольный». Таким образом, прозвище Хархорда мог получить либо обладатель специфического голоса, либо человек с тяжелым, брюзгливым характером.

В русской среде фамилия могла закрепиться в регионах активного контакта с тюркскими народами — в Поволжье, на Урале или в южных степях. Интересно, что в документах XVII–XVIII веков встречаются прозвища Хархор и Хархорин, но именно форма с суффиксом -ин (Хархордин) встречается реже, что делает её более локальной. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или однодворцам, а не к дворянству — в родословных книгах эта фамилия не фигурирует.

Стоит отметить редкий для русских фамилий двойной суффикс: -орд-ин. Обычно в фамилиях на -ин основа обрывается на согласный (Петров — Пётр), но здесь мы видим наращение -орд-, что может быть результатом адаптации тюркского слова к русскому произношению. Сравните с фамилией Харламов (от Харлам) — там иная модель. Хархордин стоит особняком даже среди однокоренных фамилий вроде Хархорова или Хархорского, которые встречаются у татар и башкир.