Фамилия Хархорин — редкий случай, когда корень слова не оставляет сомнений в происхождении, но заставляет задуматься о том, как именно прозвище закрепилось за родом. Основа здесь — «хархора». В русских говорах, особенно северных и сибирских, так называли человека с хриплым, сиплым голосом, того, кто говорит с натугой, «харчит» или «харкает». Слово звукоподражательное, родственное глаголу «харкать» (ср. также «хархор» — хрипота, болезнь горла). Прозвище Хархора давали либо человеку с хронической простудой и осипшим голосом, либо тому, кто имел привычку громко откашливаться, прочищать горло.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Хархорин буквально означает «сын Хархоры» или «человек из семьи Хархоры». В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от полных имен или названий профессий, фамилии на -ин нередко происходят от прозвищ с характерным признаком. Это не уменьшительная форма (сравните: Хархорин, а не Хархоркин), а прямая, грубоватая — прозвище было данностью, а не ласкательным обращением.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается в старых переписях Вологодской, Архангельской, Костромской губерний. В этих краях промыслы — охота, рыболовство, лесные работы — часто сопровождались простудами, а в избах с печным отоплением хрипота была делом обычным. Вполне вероятно, что первый Хархорин не был злым или уродливым человеком — просто его голос запомнили соседи.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к еврейской фамилии Хархор (от ивр. «гора» или «Хор»), хотя внешнее сходство есть. Русский корень «хар-» с хрипом и кашлем — совсем другой. Также не стоит путать Хархорина с фамилией Хархордин, которая могла образоваться от названия местности. В случае Хархорина всё прозрачнее: перед нами прямое прозвище, данное по физиологической особенности, — и за этим стоит живая, бытовая история человека, чей голос выделялся среди других.