Фамилия Хорхордин с высокой вероятностью — вариант более распространённой фамилии Хорохордин, где гласная «о» выпала под влиянием исторических процессов развития языка. Основа фамилии — прозвище Хорохорда, которое восходит к диалектному глаголу «хорохордиться» со значением «храбриться», «упрямиться», «надуваться». Прозвище могло закрепиться либо за смелым, отважным и ловким человеком, либо, напротив, за упрямым и обидчивым — то есть указывало на яркую особенность характера родоначальника Хорхординых. В некоторых говорах Хорохордой называли также хвастуна и большого фантазера.

Степан Веселовский в своих ономастических записях фиксирует носителей схожих прозвищ: Хорхора Давидович (середина XV века), Хорохора князь Иван Андреевич Золотой-Оболенский (середина XVI века), Хорхора Григорий Юрьевич Старого Медикова (начало XVI века), Хорохора Федор Яковлевич Кутузов (конец XV века). Эти примеры показывают, что прозвище бытовало в разных слоях общества — от князей до служилых людей, и не было закреплено за каким-то одним сословием.

Прозвище Хорхорда закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии Хорхордин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: потомок человека по прозвищу Хорхорда получал именование Хорхордин, то есть «сын Хорхорды». Модель образования типична для русских фамилий, но сам корень редкий, что делает фамилию заметной на фоне более частотных.

Интересно, что форма Хорхордин с усеченной гласной могла закрепиться в письменных источниках из-за особенностей произношения в говорах, где безударная «о» редуцировалась сильнее обычного. Сегодня фамилия встречается нечасто, но ее носители могут проследить свою родословную до человека с колоритным прозвищем, которое подчеркивало либо удаль, либо неуступчивость его характера.