Фамилия Хорхордина почти наверняка — вариант более распространённой фамилии Хорохордина, и разница между ними всего в одной выпавшей букве «о». Такое случалось часто: в потоке живой речи безударный гласный мог редуцироваться, а писарь при оформлении документов фиксировал слово так, как оно слышалось. Поэтому не стоит искать в основе отдельный корень — перед нами та же самая история, но с налётом диалектного произношения.

В основе обеих фамилий лежит прозвище Хорохорда, которое образовано от диалектного глагола «хорохордиться». Этот глагол имел целый веер значений: «храбриться», «упрямиться», «надуваться», «важничать». Отсюда и двойственность прозвища. С одной стороны, Хорохордой могли назвать человека смелого, отважного и ловкого — того, кто не робеет в опасности и умеет постоять за себя. С другой стороны, то же слово метко характеризовало упрямца, который стоит на своём до последнего, или обидчивого человека, который надувается по пустякам.

В некоторых говорах прозвище имело и третий оттенок смысла. Хорохордой называли хвастуна, любителя приукрасить действительность, а то и просто большого фантазёра. Так что за одним прозвищем мог скрываться и бойкий храбрец, и капризный спорщик, и рассказчик, которого послушать — заслушаешься.

Прозвище это, судя по всему, прилипло к человеку крепко, заменив собой имя в повседневном обиходе, а уже от него по обычной для русских фамилий модели с суффиксом -ин образовалась фамилия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Хорхордина — это буквально «дочь или жена Хорхорды», а в более широком смысле — человек из рода Хорхорды. Фамилия закрепилась за потомками и передавалась из поколения в поколение, сохранив по сей день память о том, каким нравом отличался её родоначальник.