Фамилия Хавдеева произошла от прозвища Хавдий, которое восходит к украинскому слову «хавдий», что в переводе на русский язык означает «человек, который любит поесть». Скорее всего, носитель данного прозвища любил поесть и был довольно полным. По другой версии, фамилия Хавдеева является вариантом фамилии Хавдиев, которая произошла от имени Хавди, восходящего к арабскому слову «хавд», что в переводе на русский язык означает «водоем, пруд, наземный резервуар». Согласно еще одной версии, фамилия Хавдеева является вариантом фамилии Ховдеев, которая образована от аналогичного прозвища, восходящего к названию монгольского города Ховд. Сам город являющегося центром Кобдоского аймака в западной части Монголии. Вероятно, носитель данного прозвища был выходцем из данного города. Так и прозвище Хавдий закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Хавдеева. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Хавдий, со временем получил фамилию Хавдеева.