Фамилия Хандеева — женская форма, а её мужской вариант — Хандеев. В основе, скорее всего, лежит тюркское имя или прозвище Хандей. Разбирать фамилию стоит не с корня «хан», а с суффикса -ей, который в русской ономастике нехарактерен для исконно славянских имён. Этот формант часто встречается в заимствованных личных именах из тюркских языков, где -дей или -тай указывает на принадлежность или обладание качеством. Например, имя Хандей могло означать «подобный хану», «ханского рода» или быть уменьшительной формой от имени Хан.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Хандей добавили патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Таким образом, Хандеев — буквально «сын Хандея». Это типичная «фамилия-отчество», которая закрепилась в XV–XVII веках, когда на Руси активно осваивали служилые люди тюркского происхождения, выходцы из Казанского, Астраханского или Крымского ханств.

Географически фамилия редкая. По данным современных справочников, носители Хандеевых встречаются в Поволжье — в Татарстане, Удмуртии, а также в некоторых районах Кировской и Нижегородской областей. Это косвенно подтверждает версию о булгаро-татарских корнях: в этих местах фамилия могла возникнуть среди крещёных татар или мишарей, перешедших в православие и получивших фамилию по имени отца.

Версия о происхождении от русского слова «ханды» (ругательство, брань) маловероятна: прозвища с таким корнем обычно давали не по ругательству, а по поведению («хандыга» — пьяница), но суффикс -ей в этом случае не типичен. Скорее всего, перед нами не прозвищная, а именно именная фамилия, восходящая к дохристианскому личному имени.

Если кратко: предки носителей фамилии Хандеева, вероятно, были выходцами из тюркской среды, принявшими православие, а сама фамилия — простое отчество от имени Хандей, которое в переводе значит «ханский».