Фамилия Хайдарходжаев — одна из тех, что сразу указывает на восточное, а точнее, тюрко-персидское происхождение. Она сложена из двух компонентов: имени Хайдар и титула Ходжа, к которым добавился русский патронимический суффикс -ев. Такая модель — «имя + звание + русское окончание» — типична для фамилий, которые складывались в Средней Азии в XIX–XX веках, когда регион вошёл в состав Российской империи и началась русификация документов.

Имя Хайдар (Хайдар) — арабского корня, означает «лев». В исламской традиции это одно из прозвищ халифа Али, двоюродного брата и зятя пророка Мухаммеда, поэтому имя широко распространено у мусульман-шиитов и суннитов. Вторая часть, Ходжа (от персидского خواجه — «господин», «хозяин», «наставник»), в Средней Азии обозначала потомков пророка или, шире, уважаемых духовных лиц, купцов, учителей. Сочетание «Хайдарходжа» буквально значит «лев-наставник» или «господин Хайдар» — это составное личное имя, где вторая часть подчёркивает социальный статус носителя.

Вероятнее всего, предок носителя этой фамилии был человеком духовного звания или из уважаемого рода ходжей. Фамилия не крестьянская и не ремесленная — она указывает на происхождение из среды мусульманского духовенства или купечества. Географически фамилия Хайдарходжаев почти наверняка связана с Узбекистаном или Таджикистаном: именно там компонент «ходжа» в фамилиях встречается особенно часто, а имя Хайдар популярно у всех народов региона.

От других фамилий на -ходжаев (например, Абдуллаходжаев или Ибрагимходжаев) эту отличает именно первая часть — редкое, но звучное имя Хайдар. Носитель фамилии может встретить однофамильцев в Ташкенте, Самарканде или Ферганской долине, но в целом фамилия не массовая, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: круг возможных предков узок, и при наличии документов восстановить родословную проще, чем по фамилиям вроде Иванов.