Фамилия Хенина — женская форма, а её мужской вариант Хенин. В русской традиции такие фамилии на -ин образуются от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Основа здесь — Хеня. Это не календарное имя, а народная, обиходная форма. Чаще всего Хеней в быту называли человека с полным именем Хена, которое, в свою очередь, является сокращением от канонического Евгений (через украинское Євген → Ген → Хен). Связка «Хеня из Евгения» — одна из самых вероятных, поскольку фамилии от уменьшительных форм были массовыми: крестьянину в переписи не нужно было полное имя, хватало того, как его звали в деревне.

Если копнуть глубже, выделяется и другая версия. Хеня могло быть прозвищем, образованным от диалектного глагола «хенить» — в некоторых говорах это означало «хитрить, лукавить, притворяться». Так могли прозвать человека с хитрым нравом или того, кто любил прибедняться. Эта версия менее популярна, но имеет право на существование: в ономастике известны случаи, когда прозвища от глаголов давали по поведению, а не по имени.

Географически фамилия Хенин (и Хенина) редкая, её основной ареал — южные регионы России, особенно Ростовская область и Краснодарский край. Там украинское влияние на русскую речь было сильным, и форма «Хеня» от Евгения встречалась чаще, чем в средней полосе. Сословно носители в XIX веке — преимущественно крестьяне и мещане; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, предки современной Хениной с большой вероятностью звались в быту Хеней — либо как уменьшительным от Евгения, либо по прозвищу за хитрость. Фамилия осталась в той форме, в какой её записал писарь: от отчества «чей сын?» — Хенин, то есть сын Хени.