Фамилия Херня — редкий и, на первый взгляд, вызывающий случай в русской ономастике. Однако её происхождение куда прозаичнее, чем может показаться современному носителю языка. В основе фамилии лежит не бранное слово, а диалектное или просторечное именование.

Слово «херня» в значении «чепуха, ерунда» закрепилось в русском языке довольно поздно, не ранее XVIII–XIX веков, и изначально было стилистически сниженным. Фамилии же, как правило, формировались на несколько столетий раньше, поэтому связывать фамилию напрямую с этим значением было бы ошибкой. Гораздо логичнее искать корень в древнерусском прозвище или имени.

Первая и самая надёжная версия: фамилия образована от прозвища Херня, которое, в свою очередь, восходит к слову «хер» — старинному названию буквы «Х» в кириллице. В дореволюционной России «хером» могли назвать человека за его манеру писать или ставить крест (например, «ставить херы» — значит делать пометки крест-накрест). Прозвище могло закрепиться за писарем, дьячком или просто грамотеем, который часто выводил эту букву. В некоторых говорах «хером» называли также высокого, худого человека — по ассоциации с формой буквы.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла возникнуть из искажённого крестильного имени. Например, от редкого имени Херувим (в бытовом произношении «Херувим» могло сократиться до «Херня») или от греческого имени Херсон (по названию города). Однако такая трансформация нехарактерна для русских фамилий и остаётся лишь гипотезой.

Суффикс -я указывает на то, что фамилия образована по модели кратких прозвищ или усечённых форм. Такие фамилии чаще встречаются на юге России и в Украине, где была распространена модель образования фамилий без типичных суффиксов -ов/-ев (в отличие от северных и центральных регионов). Поэтому географически фамилия Херня тяготеет к южнорусским областям.

Таким образом, носитель фамилии Херня — потомок человека, которого в XVI–XVII веках прозвали за его почерк, грамотность или внешность. Современное негативное значение слова — случайное совпадение, которое не имеет отношения к истории рода.