Фамилия Хисюков — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, в её основе лежит неканоническое имя или прозвище Хисюк. Суффикс -юк характерен для украинской, белорусской и южнорусской ономастики: он указывает на принадлежность или происхождение, примерно как «сын такого-то» или «маленький, младший». Таким образом, Хисюк — это уменьшительная или патронимическая форма от более древнего имени.

Главный вопрос — что значит корень «Хис-». Самая правдоподобная версия связывает его с тюркским словом «хыс» (зима, холод). В этом случае Хисюк — прозвище человека, родившегося в холодное время года, или же того, кто отличался суровым, «холодным» нравом. Версия не лишена оснований: фамилии с корнем Хис- встречаются у народов Поволжья и Северного Кавказа, где исторически сильны тюркские влияния. Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит диалектный глагол «хисать» (слабеть, чахнуть), тогда прозвище могло относиться к болезненному, хиленькому человеку. Связь с греческим именем Иисус (через сокращение Хис) — крайне спорна и не подкрепляется реальными примерами в русской ономастике.

Фамилия Хисюков — отчество второго порядка: сначала от имени или прозвища Хисюк образовали фамилию Хисюков, добавив русский суффикс -ов, означающий «чей?» (сын Хисюка). Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, так как дворянские роды обычно образовывали фамилии по другим моделям (-ский, -ич). География фамилии сегодня неширока, но её тюркский след указывает на регионы, где русские переселенцы веками соседствовали с татарами, чувашами или башкирами. Искать однокоренных «родственников» стоит среди фамилий Хисматулин, Хисамутдинов, где корень Хис- имеет уже арабское происхождение (от имени Хусейн), но это уже другая история.