Фамилия Хисенко — украинская по модели образования, на что указывает суффикс -енко. В украинской ономастике это типичный патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». Буквально Хисенко — «сын Хисы» или «потомок Хисы». Вопрос упирается в основу: что или кто такой Хиса?

Самая вероятная версия — происхождение от крестильного имени. В православных святцах есть имя Иса, сокращённая форма от Исай (библейский пророк Исайя). В украинской народной традиции звук «и» часто заменял начальное «и» в заимствованных именах, а «с» могло озвончаться или, наоборот, упрощаться. От Исы через форму Хиса (с характерным для южнорусских говоров «х» вместо «ф» или как протетический звук) и пошла фамилия. Параллель — фамилии Хисматулин (от татарского имени) или Хисамутдинов, но в украинском контексте это именно христианское имя.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище Хиса от диалектного глагола «хисать» (в некоторых русских говорах — «хихикать», «смеяться» или «шалить»). Однако украинский суффикс -енко почти всегда привязан к личному имени, а не к прозвищу. Если бы основа была прозвищной, скорее появилась бы фамилия Хисов или Хисин.

Географически фамилия Хисенко редкая. Встречается в основном в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской и Полтавской областях, а также среди переселенцев на Кубани. В России фамилия единична, что подтверждает её украинские корни. Сословно предки Хисенко, скорее всего, были казаками или крестьянами, так как -енко — самая массовая модель фамилий у украинского сельского населения, а не у шляхты.

Таким образом, носитель фамилии Хисенко может с большой долей уверенности считать, что его предок носил имя Хиса — народную форму от Исай, а сама фамилия сложилась в XVII–XVIII веках на территории современной Центральной Украины.