Фамилия Хлупцова образована от прозвища или имени Хлупец, а её основа уходит в старый русский диалектный глагол «хлупить» — бить, хлестать, колотить. В некоторых говорах «хлуп» означало удар, тумак или прут, которым бьют. Человек с прозвищем Хлупец мог получить его за драчливый нрав или за то, что работал с хворостом, лозой — скажем, плёл корзины или делал мётлы. Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с «хлупь» — так в псковских и тверских говорах называли мелкий лес, кустарник. Тогда Хлупцом могли прозвать того, кто жил в лесистой местности или рубил хворост.

Суффикс -ц- в основе Хлупец указывает на уменьшительно-пренебрежительную форму: не просто Хлуп, а Хлупец — «маленький драчун» или «сын Хлупа». Фамилия образована по стандартной русской патронимической модели: сын Хлупца стал Хлупцовым, а женщина — Хлупцовой. Поскольку суффикс -ов, а не -ин, фамилия скорее всего северного или центрального происхождения: в южных регионах предпочли бы форму Хлупченко.

В дореволюционных записях фамилия встречается редко и локально. По данным переписей XIX века, Хлупцовы жили в основном в Тверской и Псковской губерниях — как раз там, где слово «хлупь» было в ходу. Это косвенно подтверждает вторую, «лесную» версию происхождения. Сословно фамилия почти наверняка крестьянская или мещанская: в дворянских родословных книгах она не значится.

Ударение в фамилии, судя по говорам, падает на первый слог — Хлу́пцова, хотя в современном бытовом произношении нередко смещается на второй: Хлупцо́ва. Вариант с ударением на окончание — следствие общего стяжения в устной речи, но исторически верным остаётся ударение на корень, как в исходном прозвище Хлу́пец.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Хлупов, Хлупин, Хлупкин — показывает, что Хлупцова стоит особняком: суффикс -ец здесь придаёт дополнительный оттенок прозвищности, что редкость. В большинстве аналогичных фамилий основа оставалась без уменьшительного суффикса. Поэтому Хлупцова — не просто «потомок Хлупа», а потомок конкретного человека, которого в деревне знали как Хлупца, возможно, задиристого мальчишку или невысокого мужчину с тяжёлой рукой.