Фамилия Хлыпенко образована по типичной для украинских и южнорусских фамилий модели: к основе, прозвищу Хлып, добавили патронимический суффикс -енко, который изначально означал «сын того-то» или «потомок такого-то». То есть Хлыпенко — буквально «сын Хлыпа». Такая модель была особенно распространена в Левобережной Украине и на юге России, где фамилии на -енко фиксировали принадлежность к роду по отцу.

Само прозвище Хлып, от которого пошла фамилия, большинство исследователей связывает с прилагательным «хлиплый» — то есть слабый, хилый, тщедушный. В этом случае прозвище отражало либо физические особенности основателя фамилии — хрупкое телосложение, болезненность, — либо черты характера: безволие, пассивность, неспособность настоять на своём.

Но есть и другая, более интересная версия, которую нельзя сбрасывать со счетов. В псковских говорах существовало слово «хлипуша» — плакса, рёва, нюня. Если прозвище Хлып восходит к этому корню, то оно могло характеризовать человека чрезмерно эмоционального, чувствительного, склонного к слезам. В таком случае фамилия Хлыпенко хранит память не о физической слабости, а о душевной организации предка.

Наконец, стоит упомянуть и об «охранительной» функции прозвища. В народной традиции родители иногда нарочно давали ребёнку неблагозвучное, «слабенькое» имя-оберег, чтобы отвести от него беду и сглаз. Надеясь вырастить сына здоровым и уверенным в себе, его могли назвать Хлыпом — как бы «застраховать» от настоящей хилости. Такая практика была широко распространена в крестьянской среде, и прозвище Хлып вполне могло выполнять эту роль.

Позже прозвище Хлып, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Так и закрепилась фамилия Хлыпенко — сначала как указание на отца, а затем и как родовое имя.