Фамилия Хлысталин — одна из тех, где внешне понятный корень скрывает целых два возможных значения, и оба связаны с живой народной речью. Основа — «хлыст», слово многозначное. Первое, что приходит на ум: хлыст как орудие, прут или кнут. В этом случае прозвище Хлыст могли дать человеку резкому, скорому на расправу, или, напротив, тому, кто сам часто «хлестал» — например, работал кучером, погонял лошадей. Второе значение — диалектное, уходящее корнями в старые русские говоры. В некоторых областях «хлыстом» называли пронырливого, ловкого человека, а то и вора или мошенника. Прозвище могло закрепиться за хитрецом, способным «выхлестать» — выманить или украсть.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Хлысталин — сын Хлыстала. Форма «Хлыстал» — это не прозвище, а скорее именование человека по действию, вроде «кричал», «свистал». В русской ономастике такие образования не редкость: от глагольной основы с суффиксом «-л-» получали прозвание по характерному занятию или поведению. Хлыстал — тот, кто хлещет (кнутом, языком) или хлыстит (ворует, шныряет).

Интересно, что фамилия избежала типичного для России суффикса «-ов» и закрепилась в форме на «-ин», что чаще встречается в северных и центральных великорусских говорах, а также в среде, где прозвище было образовано от существительного мужского рода на твердый согласный. Географически Хлысталины встречаются в Поволжье и центральных областях России — там, где слово «хлыст» в его вторичном, переносном смысле было в ходу.

Однокоренных фамилий немного, и это подчеркивает редкость основы. Есть Хлыстов — более распространённый вариант, а также Хлысталов и Хлыстунов. Хлысталин стоит особняком: двойной суффикс («-ал» + «-ин») делает её более громоздкой, но и более характерной — она звучит как фамилия, закрепившаяся за одним конкретным родом, где прозвище предка было не просто «Хлыст», а именно деятельное «Хлыстал». Вряд ли носитель фамилии происходил из духовенства или дворянства — скорее, это крестьянский или мещанский род, где прозвище давали по повадке или ремеслу, а не по церковному календарю.