Фамилия Хлыстюк образована по одной из самых распространённых в западных регионах бывшей Речи Посполитой модели — с суффиксом -юк. Этот суффикс (как и -ук, -чук) обозначал в украинской и белорусской традиции «сына» или «ученика», а потом закрепился в фамилиях как указание на потомка человека, названного в основе. В данном случае основа — прозвище Хлыст.

Слово «хлыст» многозначно. Самое прямое значение — гибкий прут, розга, которым наказывали или погоняли лошадей. В крестьянском быту прозвище Хлыст мог получить человек сухой, жилистый, высокий и худой — по ассоциации с тонким и длинным прутом. Но есть и вторая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «хлыстом» называли бойкого, пронырливого человека, который «всюду пролезет». Третья версия отсылает к религиозной секте хлыстов, существовавшей в России с XVII века. Однако для украинских и белорусских земель эта гипотеза маловероятна: секта была распространена в основном в великорусских губерниях, а фамилия Хлыстюк встречается прежде всего в западных областях Украины (Волынь, Ровенщина, Житомирщина) и на юго-западе Беларуси.

Таким образом, вероятнее всего, предок носителя фамилии Хлыстюк получил прозвище по внешности или характеру. Сама фамилия сформировалась не ранее XVI–XVII веков, когда на украинских землях окончательно закрепилась модель фамилий с патронимическими суффиксами. Интересно, что в русских фамилиях та же основа дала вариант Хлыстов — с суффиксом -ов, а в польском языке могла бы звучать как Хлыстович. Хлыстюк — одна из тех фамилий, где прозвище, хоть и неблагозвучное на первый взгляд, не несло в себе оскорбления: в крестьянской среде меткие прозвища по бытовым предметам были нормой.