Фамилия Хлыстов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. В основе прозвища Хлыст лежит глагол «хлестать» или существительное «хлыст» - «гибкий, хлесткий прут, иногда оправленный и оплетенный, для верховой езды». По одной из версий, прозвище Хлыст могло быть присвоено человеку исходя из определенных черт его характера (например, резкость в словах, крутой нрав). Вполне вероятно также, что оно было связано с профессией: изготовление и продажа хлыстов. Прозвище Хлыст мог получить и пастух. Следует также отметить, что в новгородских говорах Хлыстом называли верзилу, взрослого парня, который только шатается и повесничает, а также фата, щеголя, во владимирских — подворного шатуна и нищего от тунеядства, в других говорах — сплетника. Менее вероятно, что Хлыстом прозвали представителя одноименной секты, возникшей на рубеже XVII—XVIII веков. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Хлыст, со временем получил фамилию Хлыстов. О точном месте и времени возникновения фамилии Хлыстов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Хлыстов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.