Фамилия Хлыстунов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Хлыстунов послужило мирское имя Хлыстун. Имя Хлыстун образовано от аналогичного существительного, которое в ряде диалектов означает «тупица, тунеядец». Так, нарекая младенца Хлыстуном, родители желали, чтобы сын вырос смышленым, работящим и прилежным. Не исключено, что фамилия Хлыстунов образована от прозвища Хлыстун, которое берет начало от глагола «хлестать», то есть «стегать, сеч, бить прутиком, кнутом». Вероятно, именование Хлыстун указывает на род деятельности его обладателя. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Хлыстун, со временем получил фамилию Хлыстунов. О точном месте и времени возникновения фамилии Хлыстунов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Хлыстунов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.