Фамилия Хлыстунова образована от личного именования Хлыстун, которое в старину было нередким мирским именем. В северных и сибирских говорах слово «хлыстун» означало «тупица, тунеядец». Звучит обидно, но нарекая так младенца, родители вкладывали в имя обережный смысл: они желали, чтобы сын вырос полной противоположностью прозвища — смышленым, работящим и прилежным. Такая практика «защитных» имен была широко распространена на Руси: считалось, что злые духи не позарятся на ребенка с плохим именем.

Но есть и другая версия, не менее правдоподобная. Прозвище Хлыстун могли дать взрослому человеку за характер или род занятий. Оно напрямую связано с глаголом «хлестать» — стегать, сечь, бить прутиком или кнутом. В этом случае именование указывает на деятельность обладателя: кучер, погонщик лошадей, пастух, который щелкал кнутом, или человек, промышлявший выделкой кнутов и плетей. В южных регионах хлыстуном могли называть бойкого, драчливого парня, который любил пускать в ход кулаки или прут.

Словообразовательная модель проста: к основе Хлыстун добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, а затем родовое окончание -а. Фамилия Хлыстунова отвечает на вопрос «чей?» и буквально означает «дочь или жена Хлыстуна». Такая форма типична для женских фамилий в русской традиции, где мужская пара — Хлыстунов.

Стоит заметить, что фамилия не слишком распространена и встречается в основном в Поволжье и на Урале, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне из центральных губерний. В переписных книгах того времени нередко фиксировали именно прозвищные имена, которые позже закреплялись за потомками как наследственные фамилии. Родственные фамилии — Хлыстов, Хлысталов, Хлыстун — имеют ту же основу и могут указывать на общий корень, но не обязательно на кровное родство: в разных деревнях прозвище могли дать независимо друг от друга.

Таким образом, потомок человека по имени или прозвищу Хлыстун со временем получил фамилию Хлыстунов, а его дочь или жена стала Хлыстуновой. Какую из версий принять — обережную или профессиональную — сказать трудно, но обе они убедительны и отражают живую народную традицию именования.