Основой фамилии Хлыстунова послужило мирское имя Хлыстун. Имя Хлыстун образовано от аналогичного существительного, которое в ряде диалектов означает «тупица, тунеядец». Так, нарекая младенца Хлыстуном, родители желали, чтобы сын вырос смышленым, работящим и прилежным. Не исключено, что фамилия Хлыстунова образована от прозвища Хлыстун, которое берет начало от глагола «хлестать», то есть «стегать, сеч, бить прутиком, кнутом». Вероятно, именование Хлыстун указывает на род деятельности его обладателя. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Хлыстун, со временем получил фамилию Хлыстунов.