Фамилия Хлистунова — женская форма фамилии Хлистунов, и её происхождение, скорее всего, связано не с глаголом «хлестать», а с диалектным прозвищем. Основа «хлист» в русских говорах имела несколько значений, и самое правдоподобное из них — «плут, мошенник, проныра». В словаре Владимира Даля «хлыст» (через «ы») — это прут, розга, но «хлист» (через «и») фиксируется именно как бранное или ироничное прозвище для хитрого, изворотливого человека. Вероятно, родоначальник Хлистуновых получил такое прозвище за характер: его называли «хлистом» — тем, кто умеет выкрутиться, схитрить.

Суффикс «-ун-» в основе «Хлистун» указывает на деятеля: так в русском языке образуются прозвища по характерному действию (ср. «бегун», «крикун», «говорун»). Хлистун — человек, который «хлистит», то есть плутует, увиливает. Фамилии на «-унов» (Хлистунов, Бегунов, Крикунов) довольно распространены в северных и центральных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях. Там диалектная лексика сохранялась дольше, и прозвища такого типа легко закреплялись за целыми семьями.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с ремеслом. В некоторых говорах «хлист» или «хлыст» могли называть человека, который работал с прутьями, лозой, — например, корзинщика или того, кто плёл плетни. Однако в этом случае ожидалась бы форма «Хлыстунов», через «ы», а написание через «и» (Хлистунов) надёжнее указывает на прозвищный, а не на профессиональный корень. В официальных документах XIX века встречаются оба варианта, но «Хлистунов» — более архаичный и диалектный.

Фамилия не относится к дворянским или купеческим — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, образованная от уличного прозвища. Она не имеет отношения к известной религиозной секте «хлыстов» (там корень другой, от слова «христы»), хотя внешнее сходство иногда вводит в заблуждение. Современные носители фамилии Хлистунова, скорее всего, потомки вольных или государственных крестьян из северных регионов России, где прозвища на «-ун» были особенно в ходу.