Фамилия Хлистко — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив украинский или южнорусский суффикс -ко. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые образуются от имен и профессий через притяжательность («чей?»), модель на -ко характерна для украинской ономастики и указывает на прозвище в уменьшительной или пренебрежительной форме. То есть Хлистко — это не «сын Хлиста», а сам человек, которого так называли: «хлисткий», «тот, кто хлистко делает».

Основа «хлист-» восходит к южнорусским и украинским говорам, где слово «хлист» (или «хлистко») означало «хлыст», «прут», «розга», а также «удар хлыстом». Прозвище Хлистко могли дать человеку за манеру быстро, резко двигаться — «хлистко», то есть проворно, с размахом. В переносном смысле так называли бойкого, шустрого парня, который «как хлыстом режет». Есть и другая, более прозаичная версия: прозвище могло закрепиться за тем, кто делал или продавал хлысты — кнуты и прутья для верховой езды или пастьбы скота.

С географической точки зрения фамилия Хлистко — типичный южный вариант, распространённый на Украине и в прилегающих областях России (Курская, Белгородская, Ростовская области). В переписях XIX века такие фамилии часто фиксировались среди казачества и крестьянства, но без сословного «закрепления» — прозвище могло возникнуть в любой среде, где говорили на местном говоре.

Интересно, что фамилия не получила «обрусевшего» окончания -ов (Хлистков), что говорит о её относительно поздней фиксации — скорее всего, в конце XVIII — XIX веке, когда украинская модель на -ко уже была воспринята официальной документацией как самостоятельная форма. Встречаются варианты написания с одной «с» (Хлиско), но это, скорее, описка или диалектное произношение, где «т» выпадает — «хлиснуть» вместо «хлистнуть».

Если искать однокоренные фамилии, то самый близкий аналог — Хлыстов (с «ы»), но Хлистко стоит особняком: мягкое «и» указывает на южный говор, где «ы» переходит в «и», а суффикс -ко — на личное, а не отческое прозвище. Так что предки носителя фамилии Хлистко, скорее всего, были людьми с быстрой речью, резкими движениями или занимались изготовлением кнутов — в любом случае прозвище меткое и недвусмысленное.