Фамилия Хлыстенко — яркий пример украинской модели образования фамилий, которая напрямую связана с именем или прозвищем отца. Если подобные фамилии на -енко (например, Иваненко) буквально означали «сын Ивана», то Хлыстенко — это «сын Хлыста». Такой способ именования был широко распространен на территории современной Украины в XVI–XVII веках, когда к основе имени или прозвища родителя добавляли суффикс -енко, указывающий на родство.

Основа фамилии — прозвище Хлыст. В народной речи это слово имело несколько значений, и все они могли лечь в основу прозвища. Самое прямое — хлыст как орудие, плеть или кнут. В этом случае прозвище Хлыст могли дать человеку резкому, строгому, возможно, даже жесткому в общении, либо тому, кто часто пользовался плетью в работе, например, пастуху или вознице. Другое, не менее распространенное значение — так называли высокого, худого и нескладного человека, который «гнется как хлыст». В некоторых говорах слово «хлыст» употреблялось и в переносном смысле — для обозначения бойкого, пронырливого или слишком подвижного человека.

Стоит упомянуть и о возможной связи с религиозным движением хлыстов, существовавшим в России с XVII века. Однако эта версия менее правдоподобна для фамилии с суффиксом -енко. Хлыстовство было распространено в основном в великорусских губерниях, а модель на -енко — чисто украинская, поэтому более логично связывать основу с бытовым прозвищем, а не с сектой.

Суффикс -енко в этой фамилии — не просто украшение. Он выполнял важную социальную функцию, превращая личное прозвище отца в наследственное имя его детей и внуков. Первоначально форма Хлыстенко отвечала на вопрос «чей ты?» и означала «сын Хлыста». Со временем, когда фамилии закрепились, суффикс утратил прямое указание на родство и стал просто частью родового имени.

Географически фамилия тяготеет к левобережной Украине, в частности к Полтавской, Черниговской и Сумской областям, а также к исторической Слобожанщине. Именно там модель на -енко получила наибольшее распространение в казацкой среде. Позже, с миграциями населения, фамилия распространилась шире, в том числе в южные регионы России и Сибирь.

В написании фамилии возможны вариации: Хлыстенко, Хлистенко, а также белорусский вариант Хлыстёнок. Разница в написании связана с особенностями местных говоров и правилами передачи звуков при записи в документах. Носители фамилии, скорее всего, происходят от одного общего предка по мужской линии, который носил прозвище Хлыст, но его точное значение для потомков уже потеряно — осталась лишь память о родоначальнике, закрепленная в фамилии.