Фамилия Хлистунов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не потерялось в веках, а сохранилось в живом русском языке почти без изменений. Разговорный глагол «хлистать» (стегать, хлестать, бить прутом или плетью) и образованное от него существительное «хлистун» (тот, кто хлещет; либо, в переносном смысле, бойкий, резкий человек) прямо указывают на характер или занятие предка.

Модель образования стандартна для восточнославянских фамилий: к основе «Хлистун» добавили патронимический суффикс «-ов», означающий «сын Хлистуна». Иными словами, Хлистуновы — потомки человека, которого в округе знали по прозвищу Хлистун. В отличие от фамилий на «-ин» (от основ на -а/-я), здесь мы видим типичный «овский» вариант, что говорит о мужском роде прозвища и его окончании на твёрдый согласный.

Кем мог быть тот самый Хлистун? Самая прямая версия — ремесленник, работа которого связана с хлещущим движением: плетельщик кнутов или арапников, пастух, орудующий бичом, или даже банщик, стегающий веником в пару. Но не стоит сбрасывать со счетов и бытовую характеристику: «хлистуном» могли прозвать драчуна, задиру или, напротив, слишком суетливого, «хлёсткого» на язык человека. В говорах слово «хлистун» встречается и в значении «бродяга, шатун» — от «хлистаться» (слоняться без дела), что добавляет ещё один возможный оттенок.

Интересно, что фамилия Хлистунов не имеет ничего общего с сектой хлыстов (христововеров), несмотря на внешнее сходство. У хлыстов корень иной — от «Христос» (в народном произношении «Хлыст»), а в основе Хлистуновых лежит чисто русский глагол движения и действия. Встречаются также варианты написания через «е» — Хлестунов, что связано с аканьем или диалектным произношением, но обе формы восходят к одному корню. Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, где глагол «хлистать» был особенно употребителен.