Фамилия Хлюпо — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, без типичных русских суффиксов -ов, -ев или -ин. Это так называемая «неоформленная» фамилия, которая закрепилась в той же грамматической форме, что и исходное слово. Чаще всего такие фамилии встречаются на западе и юге России, а также в Беларуси и на Украине, где традиция оставлять прозвище в чистом виде была сильнее.

Основа фамилии — корень «хлюп-». В русских говорах «хлюпа» или «хлюпень» — это прозвище человека, который хлюпает носом, плаксивого, болезненного или просто неряшливого. Глагол «хлюпать» означает издавать характерный чавкающий звук, чавкать при ходьбе по грязи или шмыгать носом. Прозвище могло быть дано за манеру поведения или за слабое здоровье. Второе возможное значение — от диалектного «хлюпа» в значении «слякоть», «мокреть», и тогда прозвище мог получить человек, живший в сырой местности или работавший с водой.

Есть и более редкая версия: фамилия могла возникнуть от украинского или белорусского «хлюп» — так иногда называли неуклюжего, мешковатого человека. В любом случае, перед нами прозвищная фамилия, образованная от экспрессивного звукоподражательного корня, который ярко описывал внешность или характер первого носителя.

Поскольку фамилия не имеет патронимического суффикса, её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, где такие прозвища были особенно распространены. Фамилия Хлюпо не встречается в старых дворянских родословных книгах, что подтверждает её народное происхождение. Сейчас это одна из самых редких русских фамилий, и встретить её можно в основном в западных областях России и на границе с Беларусью.