Фамилия Ходькин напрямую связана с личным именем Ходька — так в старину в южнорусских говорах звучали привычные нам Фёдор или Фаддей. Причина проста: звука «ф» в древнерусском языке не было, а имена греческого происхождения, где этот звук встречался часто, славяне переделывали на свой лад, заменяя его на «х» или «хв». Цепочка превращений выглядела так: Феодор — Федор — Федя — Хведя — Ходя — Ходька, либо Фаддей — Фадя — Хадя — Ходя — Ходька. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Ходькин значит «сын Ходьки», «ребёнок Ходьки», что типично для русских фамилий, образованных от имён с конечным -а или -я.

Имя Феодор, лежащее в основе одной из версий, переводится с древнегреческого как «дар богов». В XVI–XVII веках оно входило в тройку самых частых русских имён, уступая лишь Ивану и Василию, так что и производных от него фамилий образовалось множество. Имя Фаддей означает «достойный похвалы»; его святым покровителем считают апостола Фаддея, который, по преданию, проповедовал веру Христову, основал церковь, но был изгнан язычниками.

Менее вероятно, что фамилия восходит к прозвищу Ходька от глагола «ходить». Если это так, то прозвище могло закрепиться за человеком, который быстро ходил, либо за пешим гонцом — такая «профессиональная» версия тоже имеет право на существование. В некоторых говорах ходькой называли и выборного представителя от народа, который шёл к важному лицу с прошением или жалобой.

Конкретные следы фамилии встречаются в документах. В Книге памяти Омской области записан крестьянин Ходькин Кузьма Иванович, родившийся в 1888 году в Рязанской губернии, Дурновской волости, селе Дурновка. Позже он жил в селе Сыропятка Кормиловского района Омской области. Эта запись подтверждает: носители фамилии были выходцами из южнорусских земель, что согласуется с версией о южном просторечном имени Ходька в основе фамилии.