Фамилия Ходькова — женская форма фамилии Ходьков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем Ходько. В основе лежит древнерусское нецерковное имя Ходь, Ходко, которое было широко распространено в XV–XVII веках. Слово «ход» в народной речи означало не только движение, но и походку, манеру держаться, а также могло указывать на человека подвижного, быстрого или, наоборот, медлительного — в зависимости от контекста. Суффикс -к- (Ходько) в таких именах носил уменьшительно-ласкательный или обиходный оттенок, как в именах Ивашко, Васько.

Однако есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «ходь» или «ходька» означало «ходок», «пешеход», а также «посыльный» или «гонец». В этом случае прозвище Ходько могли дать человеку, который много ходил пешком, выполнял поручения, связанные с передвижением, или был странником. В псковских и новгородских землях встречалась фамилия Ходькин, образованная по той же модели, что подтверждает бытование основы именно в северо-западной Руси.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов/-ев присоединялся к основе на -о (Ходько → Ходьков), указывая на принадлежность: «сын Ходька». Фамилия Ходькова в женском роде закрепилась по той же логике, что и у большинства русских фамилий на -ов/-ев. Важно заметить, что ударение в фамилии может падать как на первый слог (Хо́дькова), так и на второй (Ходько́ва) — это зависит от региональной традиции произношения.

Интересная деталь: в отличие от однокоренных фамилий Ходов, Ходнев, Ходяков, фамилия Ходьков сохранила именно форму с суффиксом -к-, что делает её более архаичной. В документах XVI–XVII веков встречаются упоминания крестьян и посадских людей с именем Ходько, например, в переписных книгах Новгородской пятины. Таким образом, предки носителей фамилии Ходькова, скорее всего, были незнатными людьми — крестьянами, ремесленниками или служилыми людьми «по прибору», получившими прозвище за характерную походку или род занятий.