Фамилия Ходукин — яркий пример того, как прозвище, данное за характер или манеру поведения, намертво приросло к роду. В её основе лежит глагол «ходить» и его производные, но не в прямом, бытовом смысле, а с оттенком неодобрения или насмешки.

Слово «ходу́н» в русских говорах имело несколько значений. В первую очередь, так называли непоседу, человека, который не сидит на месте, постоянно суетится, «ходит ходуном». Слово «ходуном» (в значении «шатаясь, колеблясь») употреблялось и в устойчивом выражении «земля ходуном ходит» — о тряске, качке. Однако применительно к человеку «ходун» — это тот, кто «ходит под собой не чуя», кто в постоянном движении, часто бестолковом и назойливом. В некоторых областях «ходуном» могли назвать и ходока по делам, посыльного, но основная масса носителей фамилии, скорее всего, получила её от прозвища «Ходун» — за непоседливость.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ходукин — сын Ходуна. Это типичная модель русских фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я (Ходун → Ходукин). Интересно, что фамилия не слишком распространена: она встречается в центральных областях России и на Урале, но не входит в число массовых. Это говорит о том, что прозвище было локальным и не превратилось в общее имя для всех непосед, а закрепилось за конкретными семьями.

Можно провести параллель с однокоренными фамилиями: Ходов, Ходоков, Ходяков. Но Ходукин стоит особняком: если Ходок — это человек, который «ходит по делам», то Ходун — это скорее характеристика темперамента. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования описываются как типичные для прозвищ, данных по внешним или поведенческим признакам. Никакого отношения к профессии или социальному статусу фамилия не имела — предки Ходукиных могли быть кем угодно, но в деревне их знали как людей беспокойных и деятельных.