Фамилия Ходжанепесова — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркская основа и русский суффикс образовали фамилию женского рода, а мужской вариант будет Ходжанепесов. Чтобы понять её корни, нужно разобрать составные части, а не искать единое слово.

Основа фамилии — составное имя Ходжанепес. Первая часть, «ходжа» (от персидского khwāja), в тюркской среде означала «господин», «хозяин», «наставник» или «почтенный человек», часто — потомка пророка или духовного лица. Вторая часть, «непес», с большой вероятностью восходит к туркменскому слову «непес» — «дыхание», «душа» или «жизненная сила». В туркменской антропонимике это имя встречается как самостоятельное, иногда с религиозным оттенком (как «дыхание жизни»). Таким образом, Ходжанепес — двусоставное личное имя, которое можно истолковать как «господин души» или «почтенный, как дыхание». Правдоподобнее, что это не прозвище, а именно имя, данное при рождении, характерное для туркменской традиции.

Фамилия Ходжанепесова — типичная русская патронимическая модель на -ов/-ев, адаптированная для женского рода (с окончанием -а). Это значит, что предок носителя мужского варианта фамилии, скорее всего, был туркменом или выходцем из Средней Азии, которого в документах русской администрации записали по отцу: «сын Ходжанепеса». Суффикс -ов указывает на принадлежность: буквально «чей?» — Ходжанепесов.

Географически фамилия привязана к Туркменистану и, возможно, к соседним регионам Узбекистана, где жили туркменские роды. В русском контексте она встречается крайне редко, в основном у потомков туркмен, переехавших в Россию в советское или постсоветское время. Социальный слой предков — скорее всего, не кочевая беднота, а люди, имевшие отношение к духовенству или уважаемые в общине, раз в имя попал титул «ходжа».

Сравните с однокоренными фамилиями вроде Ходжаев, Ходжакулиев — там тоже первая часть «ходжа», но вторая часть варьируется. Уникальность Ходжанепесова в том, что вторая основа — не арабское или персидское заимствование (как часто бывает), а исконно тюркское слово, связанное с понятием души, что делает фамилию поэтичной по смыслу, хотя в быту она звучит просто как длинная патронимическая конструкция.