Фамилия Хоханенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, изначально означал «сын» или «потомок» (ср. укр. «козаченко» — сын казака). Таким образом, Хоханенко — это буквально «сын Хохана» или «потомок Хохана». Основа фамилии — прозвище Хохан.

Слово «хохан» в украинских говорах имеет несколько значений. Наиболее вероятное — это производное от глагола «хохкати» (хохотеть, громко смеяться). В этом случае прозвище Хохан могли дать человеку веселому, любителю посмеяться, балагуру. В восточнославянской традиции такие «говорящие» прозвища по характеру или привычке давались очень часто и легко закреплялись в качестве фамилий.

Менее распространённая, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «хохля» или «хохол» — так в некоторых регионах называли человека с пышными, торчащими волосами или чубом. В этом случае Хохан — уменьшительная форма такого прозвища, а Хоханенко — его потомок.

Географически фамилия Хоханенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России, куда шла активная миграция украинских крестьян в XVIII–XIX веках. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, она возникла в одном селе или хуторе и распространилась с потомками одной семьи. Социально это фамилия крестьянская или казацкая — в среде украинского дворянства и шляхты фамилии на -енко встречались реже, там преобладали модели на -ский/-цкий.

Стоит отметить, что у фамилии нет никакой связи с прозвищем «хохол» в этническом смысле (так русские называли украинцев). Это народная этимология, не подтверждённая ономастикой. Прозвище Хохан — личное, характеризующее конкретного человека, а не его национальность.