Фамилия Хоханова принадлежит к числу тех русских родовых именований, чья история уходит корнями в эпоху активных контактов Московского государства с тюркским миром. В XV веке, после присоединения Казани, многие татарские воины и аристократы переходили на службу к русскому князю. За верность и военные заслуги им жаловали поместья и дворянский чин, а их имена и прозвища постепенно адаптировались в русской языковой среде, порождая новые фамилии. Именно в эту среду и попадает основа фамилии — личное именование Хохан.

Наиболее убедительная версия связывает имя Хохан с древнетюркским словом «хохан» (или «хокан»), которое означает «хан», то есть «князь, правитель». Речь идет о царском титуле «хакан», возникшем у народов тюркского племени в северо-восточной Азии. Мусульманские историки неизменно использовали слово «хакан» для обозначения государей татарских народов. Само именование «хокан» встречается у древнего тюркского народа жужаней, которые господствовали на огромной территории между Харашаром в Восточном Туркестане, Чао-санью в Маньчжурии, Байкалом и Великой песчаной степью. Могущество жужаней началось с хана Шелуня (402–410 годы), который подчинил соседние племена. Его преемники совершали набеги на Китай и вели междоусобные войны, что в итоге привело к упадку их державы и стремлению покоренных народов к независимости. Так или иначе, титул правителя, ставший личным прозвищем, мог закрепиться за человеком как знак его происхождения или амбиций, а затем перейти в фамилию.

Впрочем, существует и альтернативная, чисто русская версия, которую нельзя сбрасывать со счетов. Фамилия Хоханова могла возникнуть от имени Фофан — просторечной и производной формы канонического имени Феофан. В переводе с греческого Феофан означает «богоявленный». Покровителем этого имени считается византийский монах и летописец, православный святой Феофан Исповедник, день памяти которого приходится на 22 сентября. В народной среде имя Феофан часто упрощали до Фофана, а затем, в результате фонетических изменений (переход начального «ф» в «х» под влиянием «хохол», «хохот» или просто из-за диалектного произношения), оно могло превратиться в Хохана. Такая трансформация не редкость для русских говоров, где звук «ф» часто заменялся на «х» или «хв».

Какую из версий считать основной? Тюркская гипотеза выглядит более историчной, поскольку точно объясняет появление фамилии в дворянской среде после присоединения Казани. Однако и версия с Феофаном имеет право на существование, особенно для крестьянских ветвей рода. Скорее всего, фамилия Хоханова имеет двойное происхождение: в одних семьях предок носил тюркский титул или прозвище, в других — просторечное имя Хохан, образованное от Фофана. Потомок человека, которого звали Хохан, со временем получал фамилию Хоханов, а его жена и дети записывались как Хохановы. Сегодня фамилия встречается в разных регионах России, и для точного ответа на вопрос о происхождении конкретной ветви необходимо изучение архивных документов и семейных преданий.