Фамилия Хоханаева — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -аев. В русских фамилиях он встречается реже, чем -ов и -ев, и почти всегда указывает на основу, оканчивающуюся на гласный или на мягкий согласный. В данном случае основа «Хохан» — это, скорее всего, прозвище или имя, а не географическое название.

Самая вероятная версия: в основе лежит тюркское или кавказское имя Хохан. У народов Северного Кавказа, в частности у чеченцев и ингушей, имя Хохан (или Хоха) — вариант имени Мухаммад, прошедший через местную фонетику. Суффикс -аев — типичный для фамилий, образованных от личных имён в осетинском, чеченском, ингушском и некоторых других языках Кавказа. Он выполняет ту же роль, что и русский -ов: «сын Хохана» — Хоханаев. Со временем окончание адаптировалось к русской грамматике, и в женском роде появилась форма Хоханаева.

Вторая, менее вероятная версия — славянский корень. В русских говорах слово «хохан» могло означать «хохотун», «весельчак» или «задира». Такое прозвище могли дать человеку с громким смехом или вздорным нравом. Однако суффикс -аев для чисто русских фамилий нетипичен: в центральной России и на севере чаще встречаются формы Хоханов или Хоханин. Поэтому кавказское происхождение выглядит убедительнее.

География фамилии тоже подтверждает эту версию. Подавляющее большинство носителей фамилии Хоханаевы сосредоточено в Чечне, Ингушетии и среди чеченской диаспоры. Встречается она и в соседних регионах — Дагестане, Северной Осетии. За пределами Кавказа фамилия единична.

Таким образом, Хоханаева — это фамилия, образованная от личного имени Хохан (вариант Мухаммада) по кавказской модели с суффиксом -аев. Предки носителя, скорее всего, были чеченцами или ингушами, а сама фамилия указывает на родовую принадлежность к определённому тейпу или фамильной группе.