Фамилия Хохоноева — редкий пример, где основа почти наверняка восходит к звукоподражанию. В отличие от более частых Хохловых или Хохлачёвых, связанных с чубом или украинцами, здесь корень «хохон» — глагольная форма, означающая «хохотать, смеяться». В русских говорах «хохонить» или «хохотать» закрепилось как прозвище для весельчака, балагура, человека, который часто и громко смеётся. Словообразовательная модель проста: основа «хохон» плюс типичный для русских фамилий суффикс -ев-, указывающий на принадлежность («чей?» — Хохонев). Окончание -а — это женская форма, которая в официальных документах закрепилась за носительницей фамилии, хотя исторически мужская форма — Хохонев.

Особенность этой фамилии — её редкость и чёткая региональная привязка. Она почти не встречается в центральных областях России, зато хорошо известна в Сибири, особенно среди коренных народов Хакасии и Тувы. Там фамилия Хохоноева (и мужской вариант Хохоноев) фиксируется в метрических книгах и переписях XIX–XX веков. Скорее всего, русское прозвище Хохон (весельчак) дали местному жителю — хакасу или тувинцу, — а при переводе фамилии на русский лад добавили суффикс -ев, и образовалась форма Хохоноев. Женское окончание -а закрепилось за дочерьми или жёнами в официальных списках.

Интересно, что в фамилии сохранился древний суффикс -он-, который в русском языке использовался для образования имён и прозвищ от глаголов (ср. «зевать» — Зевон, «болтать» — Болтон). В случае Хохоноева этот суффикс указывает на активное действие: «тот, кто хохочет». Таким образом, предки носительницы фамилии с высокой вероятностью были людьми жизнерадостными, с лёгким нравом — или же получили прозвище иронично, за склонность к неуместному смеху.

Других версий, например, связи с тюркскими корнями (от слова «хох» — сухой или «хой» — овца), не находится: фонетика фамилии не совпадает с известными тюркскими антропонимами. Наиболее правдоподобное объяснение — русское прозвище, адаптированное в сибирской среде.