Фамилия Хохонин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или имени с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — сын Хохони). Этот суффикс характерен для северных и центральных областей России. Основа здесь — «Хохоня» или «Хохон».

Самая прямая и правдоподобная версия связывает корень с диалектным словом «хохоня» — так в некоторых русских говорах (особенно в вологодских, архангельских, пермских) называли неопрятного, неряшливого человека, растрёпу или замарашку. Слово родственно «хохол» в значении «вихор, клок волос, торчащий в сторону»: хохоня — тот, у кого волосы всклокочены, кто не причёсан. Прозвище давали по внешнему виду — лохматому, небрежному.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: основа от имени Хохон, которое могло быть производной формой от крестильного имени Христофор (в народном произношении часто упрощалось) или от редкого имени Фока (через уменьшительное Хохоня). Однако убедительных лингвистических подтверждений этому нет, и большинство исследователей склоняются к прозвищному, бытовому происхождению.

Фамилия Хохонин — нечастая. Встречается в основном в северных и северо-восточных регионах России: в Вологодской, Архангельской, Кировской областях, а также в Пермском крае. Это объясняется ареалом бытования диалектного слова «хохоня». Сравните однокоренные фамилии: Хохлов, Хохлин, Хохряков — все они так или иначе связаны с «хохлом», вихрами и неопрятностью.

Что касается сословной принадлежности: носители фамилии Хохонин в документах XVI–XIX веков — это преимущественно крестьяне и посадские люди. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Прозвище было бытовым, не обидным, а скорее описательным — так могли назвать лохматого парня или ребёнка с непослушными волосами.

Фамилия не изменила написания за последние столетия: окончание -ин осталось устойчивым, не перешло в -ов, что тоже указывает на её северное происхождение (на юге и западе чаще встречался бы вариант Хохонов).